飞机上面厕所里面的粪便都是直接排到飞机腹部的一个存储箱里面的，而且飞机上面的厕所现在使用的都是真空的马桶排放系统。乘客在使用了马桶之后，马桶会产生一种高压的气流。就会直接将所产生的这些粪便送到存储箱里面去，在存储箱里面还会添加一些除臭和分解的化学物质，可以对粪便进行初步的处理。
飞机上的粪便在存储箱里面，等到飞机着陆之后，会有专门的地勤人员将飞机上面的这些粪便回收到处理车上，然后再进一步的处理。飞机上面的粪便存储箱的开关阀门是在飞机机身的外部，这样厕所的这些排泄物就只能在飞机着陆之后才能排出来，不会出现在半空中抛洒的情况，也不会有泄漏。
需要注意的是，想要在飞机上面上厕所，在飞机起飞和降落的时候厕所是不可以使用的，这个时候机组的乘务人员会直接将厕所关闭。因为在上升和降落的时候容易不稳定，上厕所是会有一定危险性的，可能会导致乘客出现摔倒的情况，所以为了避免有这样的现象，这个时候不可以使用厕所。
飞机在飞行的时候，乘客如果使用厕所突然遇到气流颠簸，飞机摇晃的比较剧烈，这个时候乘客可以扶住马桶边上的辅助手柄，这样就可以很好的固定住自己，避免因为剧烈的晃动而摔倒受伤。
